* سابقه کلمنته در مربیگری در تیم های ملی

در سال 1992 کلمنته به لطف موفقیتهایش در تیم بیلبائو به عنوان سرمربی تیم ملی اسپانیا انتخاب شد و ماموریت یافت که تیم ملی کشورش را به مسابقات جام جهانی 1994 و یورو 96 ببرد. تیم ملی اسپانیا در نخستین بازی با مربیگری کلمنته با نتیجه 1 بر صفر تیم ملی انگلیس را از پیش رو برداشت و موفق شد تیم پر ستاره آن روزهای اسپانیا را به جام جهانی 94 و یورو 96 هدایت کند. هر چند که اسپانیا با کلمنته به رکورد 31 بازی بدون باخت رسید اما او به دلیل استفاده بیش از حد از بازیکنان ایالت باسک و حذف نام "گوآردیولا " مورد انتقاد شدید قرار گرفت. کلمنته پس از 62 بازی به دلیل باخت سه بر دو اسپانیا مقابل قبرس در روز پنجم سپتامبر 1998 از کار برکنار شد.

در روز بیست و یکم جولای 2006 خاویر کلمنته به عنوان سرمربی تیم ملی صربستان انتخاب شد. اولین بازی صربستان با مربیگری کلمنته با پیروزی سه بر یک این تیم برابر چک همراه بود. بر اساس اخبار رسانه های صربستان این مربی ماهانه 30 هزار یورو از فدراسیون فوتبال این کشور حقوق دریافت می کرد. هر چند که او در گفت و گو با روزنامه پولیتیکا گفت که این حقوق ماهانه کمترین دستمزدی بوده که وی در بیست سال اخیر دریافت کرده است! او همچنین برای امضای قرارداد دو ساله با صربستان مبلغ 720 هزار یورو دریافت کرد و اگر می توانست تیم ملی صربستان را به یورو 2008 هدایت کند 400 هزار یورو به عنوان پاداش می گرفت و در صورت صعود صربستان از هر یک از مراحل یورو 2008 وی مبلغ 150 هزار به عنوان پاداش دریافت می کرد. با این حال صربستان با مربیگری کلمنته نتوانست به یورو 2008 برسد و پس از این ناکامی او از ششم دسامبر 2007 به عنوان مربی آزاد می توانست تیم جدیدی را برای مربیگری انتخاب کند که در میان گزینه های پیش رو به احتمال فراوان او ایران را به عنوان مقصد بعدی انتخاب خواهد کرد.